生物修復技術(shù)有著其他方法無法比擬的優(yōu)點，但也有其自身的局限性，主要表現(xiàn)在以下幾個方面。

(1)微生物不能降解所有進入環(huán)境的污染物，由于污染物的難降解性、不溶性以及與土壤腐殖質(zhì)或泥土結(jié)合在一起，常常使生物修復不能進行。

(2)這一技術(shù)在應(yīng)用時要對污染地點和存在的污染物進行詳細考察，如在一些低滲透的土壤中可能不宜使用生物修復，因為這類土壤或在這類土壤中的注水井會由于細菌生長過多而阻塞。

(3)特定的微生物只降解特定類型的化學物質(zhì)，狀態(tài)稍有變化的化合物就可能不會被同一微生物酶所破壞。

(4)這一技術(shù)受各種環(huán)境因素的影響較大，因為微生物活性受溫度、氧氣、水分、pH值等環(huán)境條件變化的影響。與物理法、化學法相比，這一技術(shù)治理污染土壤的時間相對較長。

(5)有些情況下，生物修復不能將污染物全部去除，當污染物濃度太低，不足以維持降解細菌的群落時，殘余的污染物就會留在土壤中。正式這些局限性的存在，使得土壤修復必須要遵循一定的原則：(1)適合的微生物是指具有生理和代謝能力并能降解污染物的細菌和真菌。在許多情況下，修復位點處就有降解微生物存在，如果在反應(yīng)器內(nèi)處理高濃度有毒污染物，則需要加入外源微生物。(2)適合的地點是指要有污染物和合適的微生物相接觸的地點，如在表層土壤中存在的降解苯微生物是無法降解位于蓄水層中的苯系污染物，只有抽取污染水到地面在地上生物反應(yīng)器內(nèi)處理，或?qū)⒑线m的微生物引入污染的蓄水層中處理。(3)適合的環(huán)境條件是指要控制或改變環(huán)境條件，使微生物的代謝和生長活動處于最佳狀態(tài)。環(huán)境因子包括溫度、無機營養(yǎng)鹽(主要是氮和磷)、電子受體(氧氣、硝酸鹽和硫酸鹽)和pH值等。盡管生物修復技術(shù)多種多樣，生物修復的地點千差萬別，但上述的3個原則，確實所有生物修復技術(shù)都需要遵循的原則。